Ngộ độc mạn tính: thường không có các dấu hiệu rõ ràng sau khi ăn phải các thức ăn bị ô nhiễm, nhưng chất độc có trong thức ăn này sẽ tích luỹ ở những bộ phận trong cơ thể, gây ảnh hưởng đến quá trình chuyển hoá các chất, rối loạn hấp thụ gây nên suy nhược, mệt mỏi kéo dài hay các bệnh mãn tính khác, cũng có khi các chất độc gây biến đổi các tế bào và gây ung thư. Ngộ độc mãn tính thường do ăn phải các thức ăn ô nhiễm các chất hoá học liên tục trong thời gian dài. Nguyên nhân gây ngộ độc thực phẩm rất đa dạng và biểu hiện cũng rất phức tạp. Tuy nhiên các nhà khoa học phân chia ngộ độc ra 4 nhóm nguyên nhân chính sau:
Ngộ độc thực phẩm do ăn phải thức ăn nhiễm vi sinh vật:
- Do vi khuẩn và độc tố của vi khuẩn: Đây là nguyên nhân phổ biến trong ngộ độc thực phẩm. Thường gặp do vi khuẩn gây bệnh thương hàn (Salmonella) vi khuẩn gây bệnh lỵ (Shigella), vi khuẩn gây ỉa chảy(E.Co li) hoặc nhiễm các độc tố của vi khuẩn tụ cầu (Staphylococcus aureus).
- Do vi rút: thường gặp do các loại vi rút gây viêm gan A (Hepatis virut A), Virut gây bệnh bại liệt (Polio Picornavirus), virut gây ỉa chảy (Rota virus)
- Do kí sinh trùng: Sán lá gan, sán bò, ấu trùng sán lợn, các loại đơn bào (Amip, trùng lông...), các loại giun và ấu trùng giun.
- Do nấm mốc và nấm men: Thường gặp do loài Aspergillus, Penicilium, Furanium~ Candida... Nguy hiểm hơn là một số loài nấm mốc có khả năng sinh
độc tố như Aflatoxin gây ung thư.
Ngộ độc thực phẩm do ô nhiễm các chất hoá học:
- Do ô nhiễm các kim loại nặng: Thường gặp do ăn các thức ăn đóng hộp hay ăn thực phẩm được nuôi trồng từ những vùng đất nước ô nhiễm kim loại nặng. Các kim loại thường gây ô nhiễm như: Chì, Đồng, Asen, Thuỷ ngân, Cadimi...
- Do thuốc bảo vệ thực vật: thường là các loại thuốc diệt côn trùng, thuốc trừ động vật ăn hại, thuốc diệt mối, mọt. Nguyên nhân thường do ăn rau xanh, hoa quả...có lượng tồn dư thuốc bảo vệ thực vật quá cao.
- Do các loại thuốc thú y: thường gặp là các loại thuốc kích thích tăng trưởng, tăng trọng, các loại kháng sinh.
- Do các loại phụ gia thực phẩm: thường gặp là các loại thuốc dùng bảo quản thực phẩm (cá, thịt, rau, quả... ), các loại phẩm mầu độc đùng trong chế biến thực phẩm.
- Do các chất phóng xạ.
Ngộ độc do ăn phải thực phẩm có sẵn chất độc:
Bản thân chất độc có sẵn trong thực phẩm, khi chúng ta ăn các thực phẩm có chứa sẵn các chất độc này rất có thể bị ngộ độc.
- Động vật độc: Thường do ăn phải các loại nhuyễn thể, cá nóc độc, ăn cóc, mật cá trắm ...
- Thực vật độc: Nấm độc, khoai tây mọc mầm, sắn, một số loại đậu quả, lá ngón...
Ngộ độc do ăn phải thức ăn bị biên chất, thức ăn ôi thiu